Analyse et interprétation d’expériences de diffusion facilitée de protéines individuelles sur l’ADN
Natacha Porté (LKB)

Infos Complémentaires

Conf IV - 24 rue Lhomond

Mardi 13 juillet à 14h

Depuis quelques années, des expériences à l’échelle de la molécule
individuelle ont permis d’apporter des informations nouvelles sur de
nombreux processus impliqués dans le fonctionnement cellulaire, et en
particulier les interactions entre ADN et protéines. Il est aujourd’hui
possible, et c’est une des thématiques développées dans l’équipe « optique
et biologie » du laboratoire Kastler Brossel, de visualiser par microscopie
de fluorescence des protéines individuelles interagissant avec des
molécules d’ADN étirées et positionnées sur une surface. Notre équipe
aborde en particulier un problème important en biochimie : la diffusion
facilitée des protéines sur l’ADN. Certaines protéines spécifiques de site
sont en effet capables de trouver leur cible sur l’ADN avec une efficacité
remarquable, en interagissant avec de l’ADN à proximité de la
séquence-cible. Dans ce cadre, notre équipe a montré que l’enzyme de
restriction EcoRV diffuse linéairement et saute le long de l’ADN pour
atteindre sa cible.

Mon apport à cette thématique se situe en aval de ces expériences. J’ai
d’une part développé des outils d’analyse des films obtenus dans nos
expériences afin d’en extraire précisément et rapidement la trajectoire
d’EcoRV lors de son mouvement le long de l’ADN, puis de déterminer le
coefficient de diffusion linéaire ainsi que la distribution des sauts de
l’enzyme. J’ai également proposé une approche d’analyse par ondelettes des
images de ces films. D’autre part, j’ai implémenté des simulations
Monte-Carlo destinées à reproduire les distributions expérimentales de
sauts de l’enzyme. J’ai ainsi pu caractériser les sauts trop petits pour
être détectés par des méthodes optiques.

Conf IV - 24 rue Lhomond